Die Paderborner Domkrypta gehört mit 32 Metern Länge neben der Bamberger Krypta zu den größten, nicht unterteilten Hallenkrypten in ganz Deutschland. Nur die Krypta unter dem Kaiserdom in Speyer ist um vier Meter länger als die Paderborner. Seit 200 Jahren steht daher auch die Paderborner Krypta im Fokus der Forschung.
1915 erfolgten die ersten Ausgrabungen durch den Kunsthistoriker und Theologen Prof. Alois Fuchs, damals Mitglied des Paderborner Metropolitankapitels. Es folgten weitere Bauuntersuchungen im Zuge der Renovierungen nach dem II. Weltkrieg (1955/56) durch Dr. Wilhelm Tack, ebenfalls Kunsthistoriker, Theologe und Probst der Gaukirche, der sich zeitlebens mit der Baugeschichte des Doms beschäftigte. Als erster Facharchäologe erforschte schließlich Prof. Uwe Lobbedey im Rahmen der Großrestaurierung des Domes 1983 die Krypta. „Die von ihm postulierten Bauphasen stehen heute fest und werden gar nicht mehr in Frage gestellt“, stellt Dr. Sveva Gai, LWL-Stadtarchäologin in Paderborn, fest. Lobbedey öffnete die Grabungsflächen von 1915 erneut und arbeitete die Architekturgeschichte akribisch auf.
Wurde die Krypta in der Vergangenheit von einzelnen Bauforschern und Archäologen untersucht, wird nun in Teamarbeit die Gelegenheit genutzt, ältere Erkenntnisse mit neueren Methoden aus mehreren Disziplinen gemeinsam zu überprüfen und zu untersuchen. Gerade in den letzten vierzig Jahren haben sich durch bahnbrechende technologische und digitale Fortschritte neue Möglichkeiten der Forschung ergeben, die bei der letzten Krypta-Untersuchung um 1983 noch gar nicht vorstellbar waren. Mithilfe dieser interdisziplinären Untersuchungsmethoden wurden im Rahmen eines internationalen Forschungsprojektes zu den Glasfenstern des Paderborner Doms archäologische Glasfunde, aber auch Mörtelproben aus dem Paderborner Dom mithilfe synchrotronstrahlungsbasierter Techniken analysiert, wobei die Proben in einer Kooperation mit Forschungseinrichtungen in Kanada, den USA und Thailand untersucht wurden. Aber auch bei Untersuchungen an der Bartholomäus-Kapelle wurde auf internationaler Ebene erfolgreich kooperiert und die Forschungen durch geologische Untersuchungen wie Herkunftsanalysen mit mikropaläontologischen Methoden der Mauersteine, Mörtel und Bodenfliesen des Paderborner Doms bis hin zur digitalen 3-D-Vermessung ergänzt. Dieses erfolgreiche Verfahren des Teamworks mehrerer Institutionen aus unterschiedlichen Ländern wird nun auch bei der aktuellen Krypta-Forschung eingesetzt. Kooperationspartner sind neben den Paderborner Verantwortlichen des Erzbistums (Metropolitankapitel und Bauamt), der Theologischen Fakultät (Lehrstuhl für Liturgiewissenschaft und Honorar-Professur für die Geschichte der christlichen Kunst) sowie der Erzbischöflichen Akademischen Bibliothek die Bauleitung, die Bauforschung und LWL-Denkmalpflege in Münster, die LWL-Stadtarchäologie Paderborn und die Paderborner Restaurierungsunternehmen ars colendi und Glasmalerei Peters. Über Westfalen hinaus wirken daran das Institut für Geologie und Paläontologie der Universität Bochum, die Fakultät für Denkmalpflege der TH Köln, die Physikalischen Institute der Universität Bonn und der Louisiana State University, USA, sowie das Institut für Kunstgeschichte der Universität Straßburg mit.