Wissenschaftliche Einrichtungen wie das international anerkannte Johann-Adam-Möhler-Institut für Ökumenik sind ihr angegliedert. Mit den Theologischen Fakultäten der benachbarten Universitäten arbeitet die Theologische Fakultät Paderborn eng zusammen, wobei sie auf ein weites Netzwerk zurückgreifen kann. Auch fächerübergreifend kooperiert sie als wissenschaftliche Institution mit Universitäten und akademischen Einrichtungen im In- und Ausland. Um sich in Zukunft als starke, attraktive Institution für das Studium der Theologie zu erhalten, professionalisiert die Theologische Fakultät Paderborn fortlaufend die innere Studienorganisation, intensiviert die Kooperation mit anderen Hochschulen und verstärkt die Forschungsaktivitäten. Nach wie vor studieren die künftigen Geistlichen des Erzbistums Paderborn an der Theologischen Fakultät Paderborn. Ein zunehmend größeres Gewicht erhalten die Perspektiven für andere kirchliche Berufe.
Die Theologische Fakultät Paderborn ist die älteste Hochschule Westfalens. Sie wurde am 10. September 1614 von Fürstbischof Dietrich IV. von Fürstenberg als Jesuitenuniversität mit philosophischer und theologischer Fakultät gegründet, am 2. April 1615 von Papst Paul V. und am 14. Dezember desselben Jahres von Kaiser Matthias bestätigt und mit allen akademischen Rechten ausgestattet. Die offizielle Eröffnung der Academia Theodoriana Paderbornensis wurde eigens mit einem großen Festakt am 13. September 1616 begangen, ein historisches Ereignis für das damalige Hochstift Paderborn mit Relevanz für die ganze Gesellschaft: Zum einen wurde mit der Jesuitenuniversität in der Bischofsstadt Paderborn die Ausbildung der Geistlichen im damaligen Fürstbistum geregelt und auf eine solide Basis gestellt.