Das Referat für Studienangelegenheiten ist zuständig für die Beratung vor und während des Studiums, aber auch nach dem Abschluss. Hier bekommen Studieninteressierte Informationen über den Ablauf des Theologiestudiums, Studierende werden bei der Berufswahl, bei der Praktikumsbewerbung oder Auslandsaufenthalten unterstützt und Alumni können den Kontakt zu ihrer Alma Mater pflegen.
Im Studienreferat werden außerdem vielschichtige Aufgaben rund um die Organisation und Profilierung des Studiums an der Theologischen Fakultät Paderborn gebündelt. Dabei wird beispielsweise die Hochschulleitung bei der Qualitätssicherung in Lehre und Studium ebenso wie bei der Durchführung von Akkreditierungsverfahren unterstützt. Deshalb ist das Referat strukturell dem Rektorat zugeordnet.