Mit den Theologischen Fakultäten der benachbarten Universitäten arbeitet die Theologische Fakultät Paderborn eng zusammen, wobei sie auf ein weites Netzwerk zurückgreifen kann. Auch fächerübergreifend kooperiert sie als wissenschaftliche Institution mit Universitäten und akademischen Einrichtungen im In- und Ausland. Langjähriger Kooperationspartner ist u.a. das katholische Institut für Lehrerfortbildung und Lehrerweiterbildung in Nordrhein-Westfalen mit derzeitigem Sitz in Essen-Werden, das 1970 im Auftrag der (Erz-)Bistümer Aachen, Essen, Köln, Münster und Paderborn gegründet wurde.
