In seiner Abschiedsvorlesung „Signum levatum in nationes? Zur Frage der Sichtbarkeit der Kirche“ ging Professor Meyer zu Schlochtern vom Gegensatz zwischen Martin Luther und katholischer Kirche aus. Während für Luther die Kirche verborgen in den Herzen der Menschen lebt, behauptete die katholische Theologie ihm gegenüber, sie sei sichtbar, wie Jesus Christus sie eingesetzt hat. Der Vortrag zeigte die problematische Entwicklung dieser Auffassung an verschiedenen päpstlichen Lehrschreiben und Konzilsbeschlüssen auf. Gegenüber den Konzepten, die ein solches Verständnis von Sichtbarkeit mit einer überzogenen Autorisierung der Institution Kirche verbinden, präsentierte Meyer zu Schlochtern Perspektiven der Öffnung im Anschluss an das Zweite Vatikanische Konzil, die Kirche sei „gleichsam Zeichen und Werkzeug“ für das Heil, das nach dem Glauben aller Christen in Christus offenbar geworden ist.
Erzbischof Hans-Josef Becker dankte Josef Meyer zu Schlochtern in seiner Ansprache für seinen Dienst an Theologie, Kunst und Kirche und sein Engagement als dreimaliger Rektor der Theologischen Fakultät und wünschte ihm viele gute Jahre und Gottes begleitenden Segen.